Niewielkie dawki chloru w wodzie mogą sprzyjać rozwojowi zapalenia błony śluzowej jamy ustnej, przełyku i przewodu pokarmowego oraz wywoływać spontaniczne wymioty. Woda zawierająca dużą ilość chloru wykazuje toksyczne działanie na organizm, prowokuje pojawienie się astmy oskrzelowej, stanów zapalnych skóry, sprzyja podwyższeniu zawartości cholesterolu we krwi. Zwłaszcza dzieci są bardzo wrażliwe na działanie chloru.
Krańcowa dopuszczalna koncentracja chloru w wodzie wodociągowej wynosi 0,1-0,3 mg/l.